Henrique bắt đầu sự nghiệp tại Goiás và có trận đấu chuyên nghiệp đầu tiên khi ra sân cho câu lạc bộ Rio Branco vào tháng 3 năm 2014 trong trận hòa 0–0 với Coritiba.[3]

Sau đó, anh có thời gian chơi bóng ở các quốc gia như Thái Lan, Bồ Đào Nha và Moldova trước khi đến Việt Nam khoác áo tân binh V-League Hồng Lĩnh Hà Tĩnh tại mùa giải 2020.[4] Mùa giải đầu tiên thi đấu ở Việt Nam, Henrique có 21 lần ra sân và ghi được 11 bàn thắng tính trên mọi đấu trường.

Ngày 28 tháng 12 năm 2020, Bruno Henrique chuyển sang thi đấu cho câu lạc bộ Sông Lam Nghệ An theo bản hợp đồng có thời hạn 1 năm cùng điều khoản tuỳ chọn gia hạn.[5] Anh chính thức ra mắt đội bóng xứ Nghệ trong trận thua 0–1 trên sân của Sài Gòn vào ngày 30 tháng 1 năm 2021. Ngày 18 tháng 3, anh ghi bàn thắng duy nhất trong trận đấu gặp Than Quảng Ninh giúp đội nhà có chiến thắng đầu tiên của mùa giải.[6]